Пинега — один из древнейших населённых пунктов Архангельской области. Впервые упомянут в 1137 году под названием Пинежский волок. До 1613 года был частью Двинской области, затем в составе Архангелогородской губернии. В 1780 году указом Екатерины II образован Пинежский уезд, а село стало его центром и получило статус уездного города. В 1927 году были образованы два района — Пинежский и Карпогорский. Пинега стала посёлком. В 1959 году эти два района объединили, но райцентром стали Карпогоры.
На протяжении столетий Пинега была местом ссылки известных личностей. Самый известный — фаворит царевны Софьи Василий Васильевич Голицын. Ещё сюда ссылали Климента Ворошилова, Алесея Рыкова, писателей Серафимовича и Грина. В 1918-20 годах была оккупирована англо-американскими войсками. Затем в окрестностях была несколько лагерей ГУЛАГа.
До революции это был отдалённый купеческий город. От того времени сохранилась историческая застройка центра — квартал купцов Володиных. Пинежский заповедние образован в 1974 году. Недалеко находится один из самых интересных природных объектов Архангельской области — Голубинский карстовый массив.
