Крестцы впервые упомянуты в 1393 году в Новгородской летописи. Поселение было расположено на пересечении дорог из Москвы в Новгород и из Пскова в Вологду. Название Крестецкий Ям говорит о том, что здесь было место смены лошадей и кратковременного отдыха. В 1569 году он был разорён опричниками, а в Смутное время польскими интервентами. В 1776 году Екатерина II своим указом придала Яму статус города и назвала Крестцами. Вскоре были построены путевой дворец и Екатерининский собор.
В 19 веке в городе жило около двух тысяч человек. Очень многие занимались ямщицким промыслом, было несколько небольших заводов, больница, училище, библиотека. Советская власть установлена в ноябре 1917 года. В 1926 году Кресцы стали сельским поселением, с 1938 года — рабочим посёлком.
В посёлке сохранилась историческая застройка. В самом интересном здании расположен краеведческий музей, есть и другие старинные дома.