Шенкурск впервые упомянут в грамоте 1315 году как Шенкурский Погост. При Иване Грозном в 1565–72 годах под названием Вага входил в число опричных городов. Затем был во владении у Бориса Годунова, после него перешёл к Романовым. В XVII веке была построена крепость. В 1629 году в грамоте царя Михаила Федоровича уже упоминается как Шенкурск.
С 1708 года в составе Архангелогородской губернии. В 19-начале 20 века был местом ссылки политических. Советская власть установлена в начале 1918 года. В сентябре того же года захвачен англо-американскими интервентами. Освобожден частями Красной армии в январе 1919 года. С 1937 года является районным центром Архангельской области.
В Шенкурске стоит посетить краеведческий музей, которому уже больше ста лет. Действует церковь Зосимы и Савватия 1880-х годов постройки. Город окружает живописная северная природа — своенравная река Вага, леса.
