Няндома своим появлением обязана строительству железной дороги в конце XIX века. В 1895 году была построена станция и несколько жилых домов, времянки, землянки. Активно вырубался лес для строительства и расширения посёлка. В 1905 году в Няндоме уже было 28 домов и до 1000 жителей. Постоянное движение открыто в 1898 году, а в 1915-м узкоколейка переделана на широкую колею, после чего вырос грузопоток и штат железнодорожных рабочих.
В 1923 пристанционный и Шенкурский посёлки объединены в единый посёлок, с 1925 — рабочий посёлок, с 1939 — город. С 1937 года — в составе Архангельской области. В городе действуют предприятия железнодорожного транспорта и деревообрабатывающей промышленности.
В городе действует интересный краеведческий музей «Дом Няна», восстановлена деревянная церковь Зосимы и Савватия Соловецких.
